No se sabe exactamente cuándo se comenzó a elaborar la Manzanilla. Históricamente, se suele asociar el comienzo de la producción en las bodegas sanluqueñas con la reestructuración del negocio vitivinícola durante el siglo XVIII y con el asentamiento de la industria moderna en la zona. El primer documento en el que aparece el nombre de Manzanilla referido al vino data del siglo XVIII y se trata de un Acta Capitular del Cabildo de Cádiz. Debemos los primeros estudios sobre la Manzanilla al botánico y agrónomo Esteban Boutelou, en su libro Memorias sobre el Cultivo de la Vid en Sanlucar de Barrameda y Xerez de la Frontera (1806). La Manzanilla fue incorporada a la Denominación de Origen Jerez-Xérès-Sherry en 1933 como uno de sus tipos de vino. Hasta 1964 no se publicó el Reglamento de la Denominación de Origen Manzanilla, donde se reconoce la identidad de la Manzanilla, así como su vínculo con Sanlúcar de Barrameda. El 26 de junio de 1996, la Comisión de la Unión Europea reconoció el carácter único de la Manzanilla. Con ello dejó de ser necesario referirse a este vino con la expresión «Manzanilla de Sanlúcar de Barrameda», ya que ahora solo hay una: la de Sanlúcar. La DO Manzanilla San Lúcar de Barrameda pertenece también a su vez a la DO Jerez-Xerés-Sherry, compartiendo estos vinos geografía, zona de producción e incluso variedad de uva y proceso de elaboración como la supervisión y el amparo del mismo Consejo.

La zona de producción del Jerez se encuentra en el extremo sur de la península. Los viñedos de Jerez, El Puerto de Santa María, Sanlúcar, Trebujena, Chipiona, Rota, Puerto Real, Chiclana y Lebrija son los únicos que pueden producir uva para la elaboración de vinos de Jerez y Manzanilla. Otra delimitación importante es la zona de crianza: el triángulo formado por las ciudades de Jerez, El Puerto de Santa María y Sanlúcar. Únicamente en estas ciudades se puede completar el proceso de producción amparado por la D.O. Hay que tener en cuenta varios factores de estas zonas, como el clima, el tipo de tierra (albariza, barros y arenas) y, especialmente, el tipo de uva autóctona: Palomino, Moscatel y Pedro Ximénez, blancas las tres.

Una vez recolectada la uva, se procede a la pisa y prensado y se deja fermentar: es de ahí de donde surgen los nuevos vinos y los mostos. Los catadores prueban estos nuevos vinos y, dependiendo de las características de los caldos, se separan entre finos/manzanillas (los más pálidos) y olorosos (los que poseen más cuerpo). Una vez separados, se dejan reposar hasta alcanzar los 15º y 17º. Las botas más empleadas son de roble americano, con capacidad para 600 litros. Se llenan hasta los 500 litros, unas 30 arrobas, y se deja una superficie vacía para que se desarrolle el velo de flor. El método que se lleva a cabo es el de soleras y criaderas. Las variedades de uva utilizadas en la DO Manzanilla-Sanlúcar de Barrameda serán Palomino, Pedro Ximénez y Moscatel. La manzanilla se considera un vino generoso.

La manzanilla propiamente dicha es un vino muy pálido, de un tono amarillo pajizo. Es un vino blanco y seco, elaborado con uva palomino y envejecido bajo una capa de levaduras llamada velo de flor. Su crianza se lleva a cabo exclusivamente en bodegas de Sanlúcar de Barrameda. Las especiales condiciones climáticas de esta ciudad, situada en la desembocadura del río Guadalquivir, propician el desarrollo de un velo de flor muy peculiar. Como consecuencia, el vino adquiere características particulares y diferenciadoras. Tiene aroma punzante con notas florales que recuerdan a camomila y almendras. Al paladar es seco y fresco. Presenta, también, una ligera acidez que deja un regusto ligeramente amargo.

Si las manzanillas son sometidas a períodos de crianza excepcionalmente prolongados, en los que la flor llega a debilitarse ligeramente, provocando un pequeño nivel de oxidación y una mayor complejidad; surgen así las "Manzanillas Pasadas". Son vinos con más estructura, pero con todo el carácter punzante e intenso que aporta la crianza biológica.

Hay teorías que remontan el origen de los ancestros de la moscatel en el antiguo Egipto y en los comienzos de la antigua Persia (c. 3000-1000 a. C.), aunque algunos ampelógrafos, como Pierre Galet, creen que la familia de la variedad moscatel fue propagada durante el periodo de la antigüedad clásica (c. 800 a.C. a 600 a. C.) por griegos y romanos. Sin embargo, aunque que la producción doméstica de vino tiene una larga historia en el antiguo Egipto y en Persia y a que los escritores clásicos como Columella y Plinio el Viejo describieron como moscatel a variedades como la anathelicon moschaton y apianae, diciendo que eran muy dulces y atractivas para las abejas (en latín apis), no hay evidencias históricas sólidas de que esas antiguas uvas de vino fueran miembros de la familia moscatel.

La familia moscatel es muy numerosa, con más de 200 miembros distintos,sin embargo, a pesar de esta diversidad solo un puñado de variedades de uva moscatel son ampliamente utilizadas en la producción de vino. Entre ellas está la moscatel de grano menudo, la moscatel de Alejandría, la moscatel de Hamburgo y la muscat ottonel. Las cepas de variedad moscatel son poco vigorosas y de porte erguido, desborre medio y maduración más bien tardía, dando rendimientos bajos. Su maduración es variable, existiendo muchos racimos que retrasan esta maduración, especialmente si la producción es elevada, maduran en función de la ubicación y altimetría de la parcela donde estén plantadas. Los racimos son grandes, poco compactos y heterogéneo, tanto en tamaño de baya como en el color del hollejo. Las uvas son grandes de forma circular, pero con tendencia a sección longitudinal elíptica, con una pulpa blanda, muy jugosa, con sabor característico amoscatelado. Su hollejo es grueso y consistente. Si hay algo que caracteriza esta variedad, esto es, sin duda, su elevado grado de azúcar, al tiempo que su fuerte aroma frutal. Las cepas de moscatel requieren de temperaturas elevadas tras el enverado para poder alcanzar una maduración adecuada, resisten bien a la sequía y se adaptan perfectamente a distintos tipos de suelos. Las temperaturas bajas producen que su madera no agoste bien, adaptándose bien a podas cortas en vaso. Si las podas son largas puede provocar un exceso de producción lo que daría como consecuencia una reducción en la calidad perdiendo parte de su tipicidad y aromas. Es muy sensible al oídio y al mildiu, también al frío y sensible a la polilla del racimo, a los insectos y al frío.

Es una cepa típicamente mediterránea, que precisa sol y la influencia del mar por lo que se cultiva sobre todo en países que cumplan con esa característica. Existen viñedos de uva moscatel en Austria, Chipre, España, Grecia, Italia, Malta y Portugal. En España su cultivo por excelencia es en Valencia, Alicante, Canarias y Málaga.

Los vinos de moscatel tienen una potente aromaticidad, dando lugar a buenos caldos en suelos calizos y excelentes en silícicos. Usada como uva de mesa por su sabor amoscatelado, pulpa firme y hollejo de espesor medio. Además de utilizarse como uva de mesa produce elegantes mistelas y buenos blancos secos, dulces y espumosos, todos ellos con aromas potentes, elegantes y florales. También se adicionan en coupages para aromatizar el conjunto. En Málaga se utiliza para elaborar vinos aromáticos.